Pri vakuumski filtraciji nastane vakuum z odvajanjem zraka iz sprejemne bučke, zaradi česar se tekočina vsesa skozi membrano (izvedba filtracije). Vakuumska filtracija je hitrejša od gravitacijske, ker se raztopina potisne skozi filter z uporabo vakuumskega tlaka.
Močan vakuumski tlak zniža vrelišče filtrirane tekočine. V vakuumu lahko zavrete vodo pri nižjih temperaturah:
Pri filtriranju vročih tekočin mora biti vakuum šibkejši kot pri filtriranju sobno zmernih ali mlačnih tekočin.
Poleg enote za vakuumsko filtracijo in vzorca, ki ga želite filtrirati, potrebujete vir vakuuma in cev za izvedbo filtracije.
Vir vakuuma je mogoče ustvariti s pomočjo črpalke. Če črpalka ne prepušča tekočin, se lahko poškoduje, če tekočina vstopi v črpalko. Zato je priporočljiva uporaba sifona in sesalne bučke.
Vzorce > 1 lahko filtrirate z uporabo več filtrirnih enot ali več steklenic za en sam zgornji filter steklenice. Uporabite lahko steklenice Sartolab, ki se prodajajo posebej, ali steklenice, namenjene vakuumskemu filtriranju.
Steklo je krhko, zato je obvezna uporaba le steklenic, ki imajo certifikat za uporabo z vakuumskimi filtrirnimi enotami. Varneje je uporabljati plastične steklenice, kot so steklenice iz polistirena Sartolab.